Ông là con thứ năm của Ngô Đình Khả, một viên quan trọng triều đình vua Thành Thái dưới thời Pháp thuộc.[1][2] Mẹ ông là bà Anna Phạm Thị Thân, nguyên quán tại làng Đại Phong, huyện Lệ Thủy, tỉnh Quảng Bình.

Tuổi thơ của anh em Cẩn an nhàn trong nhung lụa, phần Ngô Đình Cẩn có vẻ được nhiều hơn. Thế rồi nối gót các anh, ông vào học trường đạo Pellerin, Huế.

Vì tính tình nghịch ngợm ham chơi, đến năm lớp 3 thì Ngô Đình Cẩn bỏ học. Ở nhà được mấy năm thì gia cảnh ông Ngô Đình Khả bắt đầu sa sút. Ngô Đình Khả bị bãi quan, được hơn 10 năm Ngô Đình Khả mắc bệnh và qua đời. Các anh của Ngô Đình Cẩn lập gia đình ra ở riêng, hoặc đi làm quan xa, hoặc học hành tận bên trời Tây. Các chị gái của Ngô Đình Cẩn cũng đã vu quy nhà chồng. Mình Ngô Đình Cẩn sớm tối quanh quẩn bên mẹ già, được mọi người phó thác trách nhiệm chăm sóc mẹ, thành ra Ngô Đình Cẩn được chiều chuộng hơn cả.

Cậu Út là tên tục của Ngô Đình Cẩn từ lúc nhỏ và thường có trong tập quán Huế trước hồi năm 1945, đồng thời là lối gọi tình cảm cho “đứa con có vấn đề thần kinh không bình thường” ở nhà với cha mẹ già.

Sau này gọi Út Cẩn mãi thành quen, gia đình cũng không ai cải chính làm gì. Vậy nên dù Ụt hay Út thì Ngô Đình Cẩn vẫn không phải là con Út trong gia đình của ông Ngô Đình Khả.

Ông có thói quen chân đi guốc gỗ, mặc áo dài, đội khăn xếp, miệng nhai trầu bỏm bẻm nên có một biệt danh nữa là “Cậu Út Trầu”. Sau này Ngô Đình Cẩn khét tiếng tàn bạo, dã man cực độ được dân chúng phong cho chức “lãnh chúa miền Trung” hay là “bạo chúa miền Trung”.

Tổng hành dinh của ông đóng gần nhà thờ Phủ Cam, nay thuộc phường Phước Vĩnh, thành phố Huế và một khu biệt thự khác ở ấp Ngũ Tây làng An Cựu, nay thuộc xã Thuỷ An, thành phố Huế, gần khu Chín Hầm nổi tiếng. Nhà cũ của ông ở đường Nguyễn Trường Tộ - thành phố Huế đến nay vẫn còn nhiều chứng tích nguyên vẹn. Trong đó, trên nền vườn của 1 gia đình sĩ quan Quân đội Nhân dân Việt Nam hiện đang ở, vẫn còn lưu giữ nguyên bản ao cá được xây dựng bằng bê tông theo hình dạng rất đặc biệt, thành dày đến 40–50 cm, sâu hơn 4m, dùng nuôi cá sấu. Ở bốn góc ao có bố trí 4 chậu cá nhỏ cùng hình dáng như ao cá to tạo thành thế tứ trụ phong thủy. Tuy nhiên sau chiến tranh đã thất lạc nay chỉ còn lại 1 chậu. Quanh ngôi nhà này vẫn còn 2 bờ tường đá xây kiên cố cao 3m ở 2 cạnh vườn. Điều đó đủ nói lên dinh thự trước đây của ông Ngô Đình Cẩn bề thế ra sao. Theo tài liệu thì trước đây gia đình họ Ngô ngoài làm chính trị vốn cũng rất nổi tiếng buôn lậu vàng và bạch phiến. Do vậy, ông Cẩn cho xây dựng ao cá này ngoài phục vụ thú vui nuôi cá sấu chơi cây cảnh thì còn dùng che đậy cho tầng hầm bên dưới cất giữ tài sản khổng lồ. Cũng trong khu đó còn có một gia đình khác cũng đang sở hữu những cây xanh bon-sai quý hiếm. Còn Khu Chín Hầm thì trước đây là kho vũ khí cũ, do Ngô Đình Cẩn tổ chức cải tạo sửa sang lại thành nhà ngục giam giữ và tra tấn những người chống đối. Điều kiện sống trong Chín Hầm rất khắc nghiệt và nhiều người đã chết trong khu nhà ngục này.[3][4]

Trong thời Đệ nhất Cộng hòa, Ngô Đình Cẩn cùng với Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu, Ngô Đình Thục, Ngô Đình Luyện và Trần Lệ Xuân (vợ Ngô Đình Nhu), nắm hết mọi thực quyền trong tay do đó chế độ Ngô Đình Diệm bị cho là chế độ gia đình trị. Về phần mình, Ngô Đình Cẩn được bổ nhiệm chức "Cố vấn chỉ đạo các đoàn thể chính trị trong và ngoài nước" và nắm rất nhiều quyền lực tại miền Trung Việt Nam, được mệnh danh là "Lãnh chúa miền Trung".[5]

Với tư cách là "Bạo chúa miền Trung", Ngô Đình Cẩn sở hữu trong tay quân đội, cảnh sát, mật vụ, vũ khí, nhà giam, văn phòng, trụ sở… Bên cạnh "ông cố vấn" còn có cả bộ máy chính trị của đảng Cần Lao miền Trung do Ngô Đình Cẩn làm thủ lĩnh. Tất cả bộ máy và sự hoạt động ở khu vực Trung phần này đều nằm ngoài tầm kiểm soát của chính quyền Sài Gòn và Cố vấn chính trị Ngô Đình Nhu. Trong thời gian cầm quyền, Ngô Đình Cẩn đã tổ chức bắt những người cộng sản hoạt động tại miền Trung cũng như những người chống đối hoặc có tư thù với mình; nhiều người đã bị kết án, bắt giam, bị thủ tiêu hoặc bị ép đến phải phá sản trong các hoạt động trấn áp này.